Sinode Gereja Bethany Indonesia berdiri dan diakui pemerintah secara resmi melalui Surat Keputusan Dirjen Bimas Kristen Departemen Agama RI No. DJ.III/Kep/HK 00.5/5/158/2003 pada tanggal 17 Januari 2003. Namun, sejarah Gereja Bethany sudah dimulai puluhan tahun sebelum Gereja ini berdiri secara independen sebagai sebuah sinode tersendiri.

Pada tahun 1978, Gereja Bethany didirikan oleh Pdt. Prof. DR. Abraham Alex Tanuseputra, di Jalan Manyar Rejo II/36-38, Surabaya. Gereja Bethany pada saat itu tergabung sebagai bagian dari Sinode Gereja Bethel Indonesia (GBI), sehingga disebut sebagai "GBI Jemaat Bethany" atau "GBI Bethany". Dalam penggembalaan umat GBI Jemaat Bethany ini, Pdt. Prof. DR. Abraham Alex Tanuseputra mencetuskan "Successful Bethany Families" sebagai visi gereja tersebut.